Co roku w październiku z okazji Święta Edukacji Narodowej i rocznicy wyboru Karola Wojtyły na papieża odbywają się uroczyste akademie wzbogacone refleksjami na temat: „Jan Paweł II autorytet i wychowawca”, „Nie lękajcie się”, „Wypłyńcie na głębię …”. Co roku również obchodzone jest Święto Patrona Szkoły z Mszą św. i programem artystycznym „W poszukiwaniu straconego czasu”, przybliżającym społeczności szkolnej i lokalnej postać Jana Pawła II. Szkoła współpracuje ze szkołami im. Jana Pawła II z powiatu bocheńskiego poprzez wspólne prezentacje, występy, organizowanie prelekcji ks. dr. Stanisława Kowalika „Karol Wojtyła – lata szkolne”. Od 2012 roku organizowane są przez szkołę międzyszkolne konkursy wiedzy o Janie Pawle II „Bądźcie pochodniami, które płoną…”, konkurs matematyczno – geograficzny „Przybyłem jako Papież Pielgrzym”, „Śladami Jana Pawła II”, konkurs plastyczny „Bądźcie pochodniami, które płoną…”. W kwietniu w rocznicę śmierci Jana Pawła II uczniowie rozważają stacje drogi krzyżowej z patronem w tle „Życie jest talentem powierzonym nam”. W maju w rocznicę urodzin Karola Wojtyły społeczność szkolna bierze udział w Rajdzie Szlakiem Papieskim Łapanów – Niegowić. Klasy IV uczestniczyły w IV Edukacyjno – Integracyjnym Szkolnym Rajdzie „ Zwyciężaj siebie”, w roku 2009.

W maju od 2009 roku gimnazjaliści z klasy III uczestniczą w zjeździe młodzieży wszystkich szkół, których patronem jest Jan Paweł II w Szczepanowie. W maju odbywa się uroczysty Apel pod popiersiem patrona, upamiętniający dzień urodzin Karola Wojtyły. Corocznie odbywają się wycieczki klas II i III gimnazjum do Oświęcimia. Głównym punktem wycieczki jest wizyta w Wadowicach, w domu rodzinnym papieża.