Znacznie częściej w Ewangelii św. Jana pojawia się termin Syn. Dla autora jest to zasadnicze określenie osoby Jezusa i stanowi klucz do zrozumienia Jego postawy, Jego słów i Jego działania. Odsłania tajemnicę Jego życia. Jezus ma świadomość (J 8,14), że jest Synem, wysłanym przez Ojca i że pozostaje z Nim w ciągłej jedności i dialogu. Dlatego Ojciec Go „zawsze wysłuchuje” (J 11,42).

Chrystus objawia tajemnicę swego Bożego synostwa nie przy pomocy abstrakcyjnych pojęć, ale posługując się bardzo prostymi określeniami. Zaznacza, że jest ciągle ukierunkowany na Ojca (J 6,57). Mówi o tajemniczej symbiozie, która jest wzajemnym  przenikaniem, całkowitą i stałą obecnością jednego w drugim (J 5,20; 8,16; 10,38; 14,10; 16,32). Jest to wzajemne poznanie (J 10,15); wzajemne liczenie się z sobą (J 5,19-20); pełna wymiana myśli i pragnienie dzielenia się bez zastrzeżeń (J 16,15; 17,10). Jest to tajemnicza jedność (J 10,30; 17,11.21-23) oraz miłość a odpowiada jej pragnienie zależności (J 8,28-29; 12,49) i absolutnej wierności oraz świadomość wyjątkowej odpowiedzialności (J 4,34). W tej synowskiej relacji, która stanowi istotę Jezusa, jest widoczne także Boże ojcostwo. Jezus, będący Synem, objawia Ojca (J 14,9), czyni to, co Ojciec (J 5,19; 14,10). W Jego dziełach można kontemplować działanie Ojca (J 5,19; 14,10). Będąc Synem, objawia ludziom imię Ojca, czyli to kim On jest. Czyni Go widzialnym.

Pamiętając o tym, można zrozumieć jeden z paradoksów Ewangelii św. Jana: Jezus stanowi centrum objawienia tak dalece, że utożsamia się z Bogiem, przypisując sobie Jemu tylko zastrzeżone określenie: „Ja jestem”. Dlatego Jego słowo nie jest Jego słowem, ale słowem Ojca, który Go posłał (J 14,24). To samo odnosi się do Jego nauki (J 7,16) i działalności: nie przyszedł od siebie i nie mówi we własnym imieniu (J 12,49-50; por. J 7,17; 14,10), nigdy nic nie czyni od siebie (J 5,19-20.36; 10,38; 14,10-12). To, co widział (J 8,38) i słyszał u Ojca (J 8,26; 15,15), przekazuje światu i swym przyjaciołom. Sądzi według tego, co usłyszał (J 5,30). Czyni wreszcie to, czego nauczył Go Ojciec (J 8,28).

Ten sposób mówienia zdaje się na pierwszy rzut oka wskazywać na pewną niższość. Jest to jednak najważniejsze świadectwo, wskazujące na Bóstwo Chrystusa i tajemnicę Jego synostwa. Chrystus sam nie może nic czynić i nie mówi we własnym imieniu, a Jego działanie jest powtórzeniem działania Ojca. Jednak nie jest to dowód niższości i niedoskonałości. Natomiast dowodzi, że Jezus jest Synem Boga w znaczeniu wyjątkowym. Właśnie to, że jest Synem, czyli osobą zależną od Ojca, sprawia, iż to, co ma, i to, czym jest, wypływa z doskonałości Ojca. Jego wyjątkowe Boże synostwo sprawia, że Jego przyjście, aby „zamieszkać wśród nas” (J 1,14), jest szczególnym i pełnym objawieniem. Tylko On jest zdolny odsłonić ludziom tajemnicę Boga (J 17,3), „Ojca, który posiada życie” (J 6,57).