Powstanie tam kościoła budowały bowiem wydarzenia, które na zawsze połączyły to miejsce z tajemnicą fatimską.
To w niewielkich Borkach na Powiślu 13 maja 1981 roku, w czasie poświęcenia placu pod budowę kościoła, do bp. Jerzego Ablewicza i wiernych dotarła wiadomość o zamachu na papieża Polaka. Msza św. stała się żarliwą modlitwą o ocalenie Jana Pawła II.
- Uroczystość na placu już trwała, kiedy przybiegł do nas sąsiad z informacją usłyszaną w radio, że Jan Paweł II został postrzelony. Głośno krzyknął to do nas. Wielu zaczęło rozpaczać, wszyscy jak jeden mąż płakali. Biskup podjął decyzję o modlitwie za Ojca Świętego - opowiada jedna z parafianek.
- Biskup Ablewicz także postanowił, by ten kościół, który miał tu stanąć, był wotum wdzięczności za ocalenie życia papieżowi. Początkowo miał mieć tytuł Matki Bożej Różańcowej, ale po tych wydarzeniach zyskał także patronkę w Matce Bożej Fatimskiej - opowiada ks. Józef Jeziorek, miejscowy proboszcz.
Obraz Jana Pawła II w sanktuarium w Borkach. Beata Malec-Suwara /Foto GośćPapież dowiedział się o tej żarliwej modlitwie w Borkach o jego ocalenie. Kiedy podczas pielgrzymki dziękczynnej do Fatimy, otrzymał w darze figurę Matki Bożej Fatimskiej, poświęcił ją w Rzymie i ofiarował ówczesnemu biskupowi tarnowskiemu Jerzemu Ablewiczowi z przeznaczeniem do Borek. Nie było tam nawet jeszcze kościoła. Matka Boża przez rok czekała w kaplicy biskupa na "swój nowy dom".
Niewielka figura Matki Bożej Fatimskiej w ołtarzu głównym, ofiarowana Borkom przez Ojca św. Beata Malec-Suwara /Foto GośćWprowadzenie figury do dolnego kościoła w Borkach odbyło się w maju 1983 roku. - Ludzie witali Matkę Bożą od papieża, ustawiając się przy pięknie ustrojonej drodze. Śpiewali pieśni, płakali, machali do Niej, inni klękali - opowiadają świadkowie tych wydarzeń.
Z dniem tym związana jest także tragiczna historia, która w ludziach tam żyje. Tego dnia popołudniu w Wiśle utopiło się trzech chłopców, ministrantów - Karol, Zbigniew i Ryszard, dwóch z nich przed południem jeszcze niosło figurę Matki Bożej Fatimskiej. Po uroczystości w kościele trwało 24-godzinne czuwanie przy Matce Bożej.
Z tych historii, żarliwej modlitwy i ludzkich łez wyrosło w Borkach sanktuarium, które jest pierwszym w Polsce i na świecie – wotum wdzięczności za ocalenie życia Jana Pawła II. Ojciec św. kilkakrotnie udzielał swego błogosławieństwa tej parafii. Między innymi 10 maja 1993 r. z Watykanu pod adresem księdza biskupa Józefa Życińskiego nadszedł list od kardynała Angelo Sodano, w którym pisał:
„Jego Świątobliwość Jan Paweł II przesyła na ręce księdza biskupa Ordynariusza wyrazy duchowej łączności z całą Parafią Borki, zebraną w dniu 13 maja br. na uroczystości tytułu kościoła wotum wdzięczności za ocalenie życia Papieża. Jest więc ta świątynia w sposób szczególny związana z osobą Ojca św. Tu wznosiły się ku Miłosiernemu Bogu pierwsze modlitwy błagalne o ocalenie życia Papieża... Ojciec święty oddaje w opiekę Matki Bożej Fatimskiej całą parafię Borki, prosząc Ją, aby wypraszała u Swego Syna potrzebne łaski budowania żywego Kościoła w sercach ludzkich. Księdzu Proboszczowi, wszystkim, którzy przyczynili się do wzniesienia tej świątyni wotum i całej parafii, Ojciec święty z serca udziela swego błogosławieństwa".