Szkoła otrzymała imię Jana Pawła II 17 maja 2006 roku. W 2007 roku zrealizowała projekt pod patronatem Urzędu Miasta Tarnowa „Patron mojej szkoły patriotą – portret życiem pisany”. Odsłonięcie aranżacji miejsca upamiętniającego patrona szkoły bł. Jana Pawła II odbyło się w 5.  rocznicę nadania szkole imienia oraz z okazji beatyfikacji ojca świętego. Do tematyki godzin wychowawczych zostały włączone treści oparte na nauczaniu papieża pt. „Jan Paweł II – autorytet w wychowaniu do wartości”.

Szkoła organizowała wycieczki przedmiotowe i krajoznawczo-turystyczne oraz wycieczki przybliżające postać patrona szkoły „Śladami Jana Pawła II”. Brała udział w ogólnopolskich pielgrzymkach Rodziny Szkół  im. Jana Pawła II  na Jasną Górę. Młodzież poznawała biografię patrona szkoły przez organizację konkursów literackich, recytatorskich, wiedzy, plastycznych. Reprezentanci gimnazjum uczestniczyli w ogólnopolskich konkursach fotograficznych, plastycznych, literackich o Janie Pawle II. Realizowane były działania wynikające z przynależności do Rodziny Szkół Jana Pawła II, m.in.: udział w XV Forum Szkół im. Jana Pawła II w Wyższym Seminarium Duchownym w Tarnowie, udział w turnieju sportowym koszykówki chłopców o puchar przechodni Bpa Andrzeja Jeża, udział delegacji szkoły w spotkaniu Rodziny Szkół Jana Pawła II Diecezji Tarnowskiej zorganizowanym z okazji 14. rocznicy pobytu bł. Jana Pawła II w Starym Sączu oraz z okazji 25. rocznicy święceń kapłańskich ks. bpa Andrzeja Jeża. Szkoła włącza się w organizację uroczystości rocznicowych związanych z osobą patrona. Cyklicznie przygotowuje obchody Dnia Papieskiego. Troszczy się o pomnik i aktualizację gazetek w klasach i na korytarzu szkolnym. Postać patrona jest omawiana na lekcjach religii, wychowawczych, języka polskiego. Bardzo uroczyście obchodzony jest Dzień Patrona Szkoły. Młodzież i nauczyciele gromadzą się przy pomniku, uczestniczą w Mszy św. i akademii. Z okazji Dnia odbywają się katechezy i lekcje o Janie Pawle II, rozstrzygane są konkursy. Młodzież wyjeżdża na wycieczki śladami Jana Pawła II m.in. do Warszawy, Krakowa, Nowego i Starego Sącza, Łagiewnik, Zakopanego. W 2006 roku młodzież zdobyła Odznakę Turystyczną Jana Pawła II. W ostatnich latach zostały zrealizowane następujące projekty: „25. rocznica pobytu Jana Pawła II w Tarnowie – co z tego zostało?”, „Jak stworzyć ciekawy manuskrypt?”, strona www poświęcona osobie patrona. Systematycznie publikuje się prace gimnazjalistów o Janie Pawłe II. Młodzież bierze udział w zbiórkach i akcjach na rzecz potrzebujących.

Gimnazjum nr 6 w Tarnowie z okazji kanonizacji Jana Pawła II zorganizowało etap szkolny konkursu poświęconego wartościom głoszonym przez bł. Jana Pawła II „Bądź Wielkim”, który odbył się 25 lutego 2014 roku. Uczniowie wzięli udział w olimpiadzie „Myśli Jana Pawła II”  mającej na celu przybliżenie życia i wartości zawartych w nauczaniu Jana Pawła II. Kolejnymi konkursami są konkursy literackie: „M jak miłość…  - maksymy i sentencje Jana Pawła II”, „Odszedł Pasterz mój – wspomnienie o bł. Janie Pawle II”, „Jak wygląda pomnik  Jana Pawła II, który budujemy własnym życiem?”. Gimnazjaliści będą również mogli się zmierzyć w konkursie recytatorskim, wiedzy, plastycznym „Z Janem Pawłem II pielgrzymim szlakiem”, na plakat „Wskazówki Ojca Świętego” na podstawie wybranej maksymy Jana          Pawła II, na gazetkę  poświęconą  Janowi  Pawłowi II, dalej w konkursie informatycznym „Nasz Patron”. Zostanie również zorganizowana wystawy fotograficzne „Twarz Jana Pawła II” i „Pielgrzymki Jana Pawła II do Polski – diecezja tarnowska”.

Cykliczne czczenie rocznic związanych z patronem szkoły to audycja przez radiowęzeł  w  rocznicę wyboru Karola Wojtyły na papieża, udział w obchodach Dnia Papieskiego. Młodzież pamięta o dniu imienin papieża we wspomnienie św. Karola Boromeuszka, wspomina również dzień śmierci Jana Pawła II. W szkole odbywają się „Wieczór wspomnień” przepełniony wzruszającymi  opowieściami  z życia papieża, „Wieczór anegdot”, będących świadectwem ogromnego poczucia humoru Jana Pawła II.

Z okazji Dnia Patrona, 17 maja 2014 roku, odbędzie się Msza św. i akademia.  Przez cały rok podczas lekcji wychowawczych nawiązuje się do treści zawartych w nauczaniu Jana Pawła II. Młodzież dba o pomnik patrona szkoły, uczestniczy w wycieczkach  „Śladami Jana Pawła II” do Łagiewnik, Starego i Nowego Sącza, zwiedza miejsca upamiętniające wizytę papieża  w Tarnowie i diecezji. Ponadto realizowane są cały rok wytyczne programu działań wynikających z przynależności do Rodziny Szkół Jana Pawła II, projekt edukacyjny „15. rocznica pobytu Jana Pawła II w Starym Sączu”.

W szkole działa wolontariat, uczniowie biorą udział w zbiórkach, akcjach charytatywnych organizowanych na rzecz potrzebujących – w budowaniu „żywego pomnika” patrona szkoły. Realizowane są projekty prozdrowotne i proekologiczne „Archipelag Skarbów” i „Alkohol – świat zatopionych marzeń”. Promowane są postawy patriotyczne przez udział w uroczystościach, realizację projektów, organizację uroczystości. Młodzi zapoznają się z dorobkiem literackim Karola Wojtyły i Jana Pawła II. W miejskie obchody Roku Jana Pawła II w Tarnowie młodzież włączy się przez udział w Międzyszkolnym Konkursie Poezji Religijnej, rajdzie turystycznym śladami Jana Pawła II, zawodach sportowych, pikniku z ojcem świętym. 22 października 2014 roku gimnazjum wystąpi w tarnowskim teatrze w programie pt. „Szukałem was, a teraz przyszliście do mnie”. W duchu Jana Pawła II odbędzie się wreszcie spotkanie opłatkowe i Międzyszkolny Konkurs Plastyczny.