Uroczystość nadania imienia szkole odbyła się 25 października 2005 roku z udziałem bp. Stanisława Budzika. W tym dniu  poświęcono sztandar i wmurowano okolicznościową tablicę na zewnętrznej ścianie szkoły. Słowa Jana Pawła II są mottem szkoły i mottem Programu Wychowawczego, który jest bogaty w treści nauczania patrona: „Z prawdą, miłością i wiarą w przyszłość”, „W wychowaniu chodzi głownie o to, ażeby człowiek stawał się coraz bardziej człowiekiem.”. W holu szkoły umieszczone są liczne gabloty zatytułowane: „Niezwykły życiorys polskiego Papieża”, „Polskie pielgrzymki Jana Pawła II”, „Jan Paweł II w dokumentach filatelistycznych”, „Młodzież w hołdzie Janowi Pawłowi II – poezja własna uczniów”, nadanie imienia szkole w 2. gablotach. W budynku szkoły znajduje się izba pamięci Jana Pawła II, będąca zarazem salą lekcji religii. W każdej klasie jest gazetka poświęcona patronowi szkoły.

Do najważniejszych uroczystości i inicjatyw związanych z Janem Pawłem II należą: Święto Patrona Szkoły, obchodzone 16 października, połączone ze ślubowaniem uczniów klas pierwszych; spotkania ze świadkami Jana Pawła II m.in.. z Lucyną i Jerzym Rieger,  Urszulą Własiuk, Stanisławem Abrahamowiczem, Aleksandrą Ludzikowską, Józefem Muchą, ks. Leonem Knabitem. Szkoła jest organizatorem Powiatowego Rajdu Szkół imienia Jana Pawła II pod hasłem „Pilnujcie mi tych szlaków”. Corocznie uczestniczy w nim od 12 do 16 szkół różnego szczebla. Rajd odbywa się 18 maja.

W bibliotece znajduje się bogaty księgozbiór dzieł Jana Pawła II i wydawnictw o Janie Pawle II. Ponadto szkoła dysponuje bogata ofertą filmów DVD i CD o Janie Pawle II. Prowadzona jest kronika wydarzeń z życia szkoły związanych z patronem szkoły. Na szkolnej stronie www i w bibliotece przedstawiane są prezentacje multimedialne np: „Cuda Jana Pawła II”,  „Jesteś naszym natchnieniem” i inne.

Krynicki zespół szkół należy do Diecezjalnej Rodziny Szkół Jana Pawła II. W ramach tej rodziny uczestniczy w spotkaniach w Gródku nad Dunajcem oraz Wyższym Seminarium Duchownym w Tarnowie. Uczniowie dwukrotnie wystąpili z programem okolicznościowym, a także prezentowali szkołę na forum innych Szkół Rodziny. Na bieżąco realizowany jest program działań Rodziny Szkół na każdy rok szkolny. Ponadto uczniowie ze sztandarem szkoły uczestniczą we Mszy św. na Jasnej Górze wraz ze szkołami Jana Pawła II z całej Polski, a także w Eucharystii przy ołtarzu papieskim w Starym Sączu oraz w jubileuszowym spotkaniu Rodziny Szkół Jana Pawła II w Lublinie na KUL-u.

Dwukrotnie z sukcesem szkoła uczestniczyła w projekcie „Mieć wyobraźnię miłosierdzia – Moje spotkania z Ojcem Świętym” i była laureatką w 2008 roku, a w 2009 roku otrzymała wyróżnienie. Współpracuje z Fundacją Szlaki Papieskie. Na zaproszenie tej fundacji uczestniczyła w spotkaniu opłatkowym z kard. Stanisławem Dziwiszem na Franciszkańskiej w Krakowie. Uczniowie poznają Jana Pawła podróżując jego śladami, m. in. w 2006 roku pracownicy szkoły byli uczestnikami rejsu po jeziorze Wigry. Płynęli statkiem „Tryton” (Jan Paweł II płynął tym statkiem w czerwcu 1999 r.). Społeczność szkolna współpracuje z parafiami na terenie Krynicy-Zdroju: przygotowała montaże słowno-muzyczne z okazji rocznicy śmierci Jana Pawła II – co roku, 30. rocznicy wyboru Jana Pawła II na stolicę Piotrową. W samej szkole w rocznicę śmierci Jana Pawła II odbywają się wystawy,       prezentacje multimedialne, a znicze i kwiaty są składane przez każdą klasę przed reprezentacyjną ścianą poświęconą Janowi Pawłowi II. Z okazji beatyfikacji został przygotowany i przedstawiony społeczności szkolnej oraz Krynicy montaż „Miłość mi wszystko wyjaśniła”. Uczniowie pomagają w zbiórce funduszy na rzecz Fundacji „Dzieło Nowego Tysiąclecia”.

Młodzież uczestniczy w licznych konkursach, olimpiadach poświęconych patronowi (wyróżnienie w konkursie literackim ukazującym życie i słowa Jana Pawła II w świadomości młodego człowieka (publikacja „Promieniowanie ojcostwa Jan Paweł II w oczach kilku pokoleń Polaków”, Wydawnictwo WiS, Poznań 2009), II miejsce w konkursie literackim poświęconym Janowi Pawłowi II w kat. wiersz, wyróżnienie w finale małopolskiego konkursu dla uczniów szkół ponadgimnazjalnych „Moje spotkania z Ojcem Świętym Janem Pawłem II – teatralia, muzykalia” w Krakowie, nagrody w konkursie plastycznym o patronie szkoły w kat. „Album o Papieżu”, dyplom Teatru Hagiograf za estetykę wizualną przedstawienia spektaklu pt. „Niech mówią, że to nie jest miłość”, szkolny konkurs „Dekalog w nauczaniu Jana Pawła II”, Międzynarodowy Festiwal Kultury Chrześcijańskiej w Krynicy-Zdroju – udział recytatorski, „Moje wspomnienia Ojca Świętego” – relacje pisane w formie listu, Ogólnopolski Konkurs Poezji Karola Wojtyły – I miejsce w etapie Rejonowym, a w ogólnopolskim  finale w Toruniu – wyróżnienie, Konkurs Recytatorski „Poezja Jana Pawła II”  – laureatka etapu rejonowego,zakwalifikowana do etapu ogólnopolskiego, I miejsce w Diecezjalnym Turnieju Halowej Piłki Nożnej Szkół noszących imię Jana Pawła II). Cała społeczność szkolna uczestniczyła w seansach filmowych: „Karol – człowiek, który został papieżem”, „Karol – papież , który został człowiekiem”, „Jan Paweł II”, „Świadectwo”.

Z okazji kanonizacji odbędzie się uroczystość z montażem słowno-muzycznym przed Mszą św. w kościele pw. Matki Bożej Nieustającej Pomocy w Krynicy-Zdroju. Przygotowywana jest wystawa „Jan Paweł II – droga do świętości”.