Jan Paweł II został jej patronem w 2006 roku. Od tego momentu każdego 17 października organizowany jest Dzień Patrona. Szkoła prezentowała się podczas IX Forum Rodziny Szkół im. Jana Pawła II Diecezji tarnowskiej w marcu 2010 roku. W tym samym roku dorobek szkoły mogli zobaczyć mieszkańcy Łoniowej w ramach wystawy przy kościele parafialnym w Łoniowej.

Od 2010 roku uczniowie biorą udział w Gminnym Konkursie Informatycznym dla szkół podstawowych i gimnazjalnych gminy Dębno pod hasłem „Jan Paweł II do młodych”, w corocznych uroczystościach środowiskowych związanych z rocznicami wyboru papieża, jego śmierci oraz beatyfikacji. Podejmuje się szereg działań wychowawczo-dydaktycznych prowadzonych od 2006 roku związanych z postacią patrona jak: konkursy plastyczne, literackie, turnieje wiedzy, wystawy, prezentacje multimedialne.

Z okazji kanonizacji planowana jest międzyszkolna akademia ku czci św. Jana Pawła II.