Nadanie Zespołowi Szkół w Starym Wiśniczu imienia Jana Pawła II odbyło się 20 czerwca 2006 roku. Odsłonięto wówczas popiersie ojca świętego wykonane przez prof. Czesława Dźwigaja.

Tradycje szkoły związane z imieniem patrona to m.in. udział uczniów w szkolnym konkursie plastycznym „Papież Jan Paweł II - wielki patriota”  (2006 rok), wystawa prac uczniów w Muzeum Ziemi Wiśnickiej, tytuł wystawy „Serce czy brąz” (2006 rok), szkolny konkurs wiedzy o Janie Pawle II na wszystkich etapach edukacyjnych (2006 rok). W 2006 roku powstał hymn szkolny „Z ziemi wiśnickiej krok do Wadowic…” z muzyką A. Jasińskiej i słowami K. Kowalskiej. W 2007 roku zorganizowano szkolny konkurs poetycki  „Byłeś – Jesteś i Będziesz Ojcze Święty”, szkolny konkurs literacko-plastyczny „Dla Ciebie, Ojcze Święty”, szkolny konkurs geograficzno-plastyczny „Podróże  Ojca Świętego Jana Pawła II”, szkolny konkurs wiedzy o patronie „Lata młodzieńcze Karola Wojtyły”. W 2008 roku odbył się szkolny konkurs plastyczny „Wadowice – tu wszystko się zaczęło – kartka z tamtych lat”. Młodzież wzięła udział w I konkursie papieskim „Przedzieraj się, szukaj, nie ustępuj” organizowanym przez gimnazjum w Wierzchosławicach , szkolnym konkursie literackim „Jak wyglądałby świat, gdyby nie Jan Paweł II?”, szkolnym konkursie czytelniczym „Oni również pomnażali talenty…”. Konkursy zostały zorganizowane także w roku 2009: szkolny konkurs recytatorski poezji Jana Pawła II dla uczniów gimnazjum, szkolny konkurs wiedzy o  Janie Pawle II dla uczniów edukacji wczesnoszkolnej „ Mój Papież” oraz szkolny konkurs plastyczny „Jan Paweł II przyjaciel dzieci”.

Co roku w październiku z okazji Święta Edukacji Narodowej i rocznicy wyboru Karola Wojtyły na papieża odbywają się uroczyste akademie wzbogacone refleksjami na temat: „Jan Paweł II autorytet i wychowawca”, „Nie lękajcie się”, „Wypłyńcie na głębię …”. Co roku również obchodzone jest Święto Patrona Szkoły z Mszą św. i programem artystycznym „W poszukiwaniu straconego czasu”, przybliżającym społeczności szkolnej i lokalnej postać Jana Pawła II. Szkoła współpracuje ze szkołami im. Jana Pawła II z powiatu bocheńskiego poprzez wspólne prezentacje, występy, organizowanie prelekcji ks. dr. Stanisława Kowalika „Karol Wojtyła – lata szkolne”. Od 2012 roku organizowane są przez szkołę międzyszkolne konkursy wiedzy o Janie Pawle II „Bądźcie pochodniami, które płoną…”, konkurs matematyczno – geograficzny „Przybyłem jako Papież Pielgrzym”, „Śladami Jana Pawła II”, konkurs plastyczny „Bądźcie pochodniami, które płoną…”. W kwietniu w rocznicę śmierci Jana Pawła II uczniowie rozważają stacje drogi krzyżowej z patronem w tle „Życie jest talentem powierzonym nam”. W maju w rocznicę urodzin Karola Wojtyły społeczność szkolna bierze udział w Rajdzie Szlakiem Papieskim Łapanów – Niegowić. Klasy IV uczestniczyły w IV Edukacyjno – Integracyjnym Szkolnym Rajdzie „ Zwyciężaj siebie”, w roku 2009.

W maju od 2009 roku gimnazjaliści z klasy III uczestniczą w zjeździe młodzieży wszystkich szkół, których patronem jest Jan Paweł II w Szczepanowie. W maju odbywa się uroczysty Apel pod popiersiem patrona, upamiętniający dzień urodzin Karola Wojtyły. Corocznie odbywają się wycieczki klas II i III gimnazjum do Oświęcimia. Głównym punktem wycieczki jest wizyta w Wadowicach, w domu rodzinnym papieża. 

Szkoła należy do Ogólnopolskiej Rodzin Szkół im. Jana Pawła II, stąd jej przedstawiciele uczestniczą w pielgrzymce szkół na Jasnej Górze. Ponadto uczniowie i nauczyciele biorą udział w wystawach i prelekcjach organizowanych przez dyrekcję Zamku Kmitów  i Lubomirskich w Nowym Wiśniczu, Muzeum Ziemi Wiśnickiej, Burmistrza Miasta Nowy Wiśnicz: „ Jan Paweł II w tajemnicy Fatimskiej” 2007, „Jan Paweł II Lourdes – Cierpienie i nadzieja” 2008, „Zostań z nami”, „W Jego świetle, w cieniu jego pomników” 2009, konkurs wiedzy poświęcony Janowi Pawłowi II 2010, „Śladami Papieża – ścieżka dydaktyczna poświęcona życiu i działalności Jana Pawła II”, montaż słowno – muzyczny przygotowany przez uczniów Zespołu Szkół im. Jana Pawła II 2011, „Od Polonii do Czarnej Madonny – modlitwa Jana Pawła II”, uroczysta lekcja wygłoszona przez prof. Czesława  Dźwigaja 2013, „Jan Paweł II papież Rodziny” wystawa na Zamku Kmitów i Lubomirskich pamiątek po Janie Pawle II, wystawa „Ślady pamięci ” w 34. rocznicę pontyfikatu, spektakl wystawiony przez dzieci i młodzież „Z zapisków Aniołów, czyli sceny z życia Jana Pawła II” 2012.

Corocznie reprezentacja szkoły uczestniczy w diecezjalnym Forum Rodziny Szkół im. Jana Pawła II w Gródku nad Dunajcem.     

Dzieci i młodzież włączają się w akcje charytatywne, do których inspiruje postawa patrona: zbiórka pieniędzy na operację 3 - miesięcznej mieszkanki Wiśnicza 2009, coroczna akcja „Góra grosza”, adopcja serca od grudnia 2012, szkoła adoptuje na odległość dziewczynkę Emmę Julię Gomes z Wysp Zielonego Przylądka, w adopcję włączyły  się dzieci, młodzież i grono pedagogiczne, „I Ty możesz zostać świętym Mikołajem”, pomoc dzieciom z bocheńskiego Domu Dziecka, „Sursum corda”, czyli udział uczniów w programie „Starszy brat – Starsza siostra”, Wielka Orkiestra Świątecznej Pomocy – powołanie wolontariuszy  i zbiórka pieniędzy w 2014 roku.

Swoje spotkania za patronem mają też dzieci w ramach edukacji wczesnoszkolnej. To m.in. konkursy wiedzy o  Janie Pawle II, konkursy plastyczne „Jan Paweł II przyjaciel dzieci”. Systematycznie urządza się wystawki klasowe książek o patronie, gazetki klasowe, gazetkę szkolną na korytarzu głównym, wyjazdy do kina na filmy o papieżu, zakup do biblioteki szkolnej filmów o Janie Pawle II.

Plany z okazji kanonizacji Jana Pawła II:

Odział przedszkolny:

Międzyprzedszkolny Konkurs Plastyczny „Jan Paweł II w oczach dziecka” – poznanie postaci Jana Pawła II, akcja włączająca rodziców w czytanie książeczki „Jak Karolek został papieżem”. Celem akcji jest przybliżanie  postaci patrona szkoły. 

Edukacja wczesnoszkolna:

Szkolny Konkurs wiedzy dla uczniów klas II - III edukacji wczesnoszkolnej „Jan Paweł II wielki człowiek”, konkurs plastyczny „ Papież i dzieci”, wycieczka uczniów klas II do Wadowic „Poznajemy  rodzinne miasto Papieża”.

Szkoła podstawowa i Gimnazjum:

Lekcje religii i godziny wychowawcze poświęcone Janowi Pawłowi II mające na celu przybliżenie uczniom postaci patrona „Jan Paweł II – człowiek, nauczyciel”, „Jan Paweł II - autorytet, człowiek dialogu”, „Jan Paweł II - świadek wartości, o których nauczał”.

Październik 2013 - Wycieczka do Oświęcimia i Wadowic - wystawa w domu rodzinnym Karola Wojtyły.

Rok 2014: aktualizacja i odnowienie gazetki szkolnej o patronie na korytarzu głównym, droga krzyżowa w rocznicę śmierci Jana Pawła II, rajd papieski „Niegowić – Łapanów”, udział społeczności szkolnej w uroczystościach lokalnych przygotowanych przez Urząd Miasta w Nowym Wiśniczu, Międzyszkolny Konkurs Literacki na temat: „Zwyczajny, niezwyczajny - Papież, człowiek, Święty” , Międzyszkolny Konkurs Matematyczno - Geograficzny „Śladami Jana Pawła II”, Międzyszkolny Konkurs Plastyczny „Zwyczajny, niezwyczajny - Papież, człowiek, Święty”, oficjalna uroczystość w szkole w podziękowaniu za kanonizację Jana Pawła II, Msza św. w kościele parafialnym, program artystyczny przygotowany przez grupę teatralną i uczniów klasy II i III gimnazjum „Słowami Patrona wsparci, za Jego wzorem iść chcemy”, podsumowanie projektu „Podróż do krainy wiedzy” realizowanego w latach 2013 – 2014, współfinansowanego ze środków Unii Europejskiej 11 czerwca 2014 roku. Zostanie zorganizowana ekspozycja prac z Międzyszkolnego Konkursu Plastycznego i nagrodzenie finalistów z Międzyszkolnego Konkursu Matematyczno-Geograficznego, odczytanie nagrodzonych prac z Międzyszkolnego Konkursu Literackiego.