Nie jest łatwo mówić o Kościele w Ewangelii św. Marka. Wielu jej znawców, egzegetów i teologów, uważa bowiem, że temat ten jest w niej nieobecny. Przyczyną takiego poglądu jest brak określenia Kościół w tej księdze Nowego Testamentu a także nieobecność wyraźnych aluzji do tej wspólnoty. Dopiero w miarę upływu czasu zwrócono uwagę zwłaszcza na rolę uczniów w tej ewangelii i ten fakt przyczynił się do rozwoju eklezjologii, czyli nauki o Kościele w tej księdze Nowego Testamentu.

Autor Ewangelii św. Marka zwraca uwagę na uczniów, którzy pod wpływem Mistrza z Nazaretu przeszli przemianę i stali się w Kościele zawsze aktualnym modelem i wzorem do naśladowania. Jezus, powołując i formując pierwszych uczniów, miał już na myśli swój Kościół. Wprawdzie zaczął on istnieć, w sensie oddzielonej od Izraela, specyficznej wspólnoty, dopiero jako owoc Paschy Jezusa Chrystusa, ale pojawia się on w całej Jego ziemskiej działalności. Uczniowie Mistrza z Nazaretu są dla wszystkich chrześcijan modelem i wzorem.

W Ewangelii św. Marka jedynie Jezus, Mesjasz i Syn Boży, kształtuje uczniów i dlatego oni są Jego naśladowcami. Nie odbywa się to jednak w sposób prosty i łatwy. Stopniowo odkrywają Jego tajemnicę. Temu procesowi towarzyszą dramaty ludzkiej słabości i niewiary. Jedynie z osobowej i bliskiej więzi uczniów z Jezusem Nauczycielem rodzi się wspólnota Jego Kościoła.

Ten proces ujawnia się zaraz na początku w chwili powołania uczniów. Wprawdzie powołuje ich indywidualnie (por. Mk 1,16-20), ale tworzą wokół Mistrza nową wspólnotę, która będzie całkowicie zależeć od Niego.