Ks. prof. Stanisław Nagy przez 6 lat pracował w Tarnowie jako rektor seminarium księży sercanów.
Księża sercanie przybyli do Tarnowa w 1949 roku. Przy ul. Rogoyskiego został wówczas otworzony dom studiów dla sercańskich kleryków, którzy w latach 1949-1960 przygotowywali się do sakramentu kapłaństwa, chodząc na wykłady do budynku WSD w Tarnowie.
Ks. prof. Stanisław Nagy w latach 1952-1958 był rektorem Sercańskiego Seminarium Duchownego w Tarnowie. "Funkcja przełożonego była dla mnie powrotem do normalnego rytmu życia zakonnego. Seminarium nasze było właściwie domem wychowawczym, ponieważ studia seminarzyści odbywali w Wyższym Seminarium Duchownym w Tarnowie, na co łaskawie wyrazili zgodę przełożeni, czyli miejscowy ordynariusz bp Jan Stepa, a także przeogromnej życzliwości sufragan bp Karol Pękala. W praktyce odpowiedzialny byłem tylko w drugim planie za rytm kształcenia teologicznego, bo ono realizowało się pod okiem władz seminarium tarnowskiego, którego w owym czasie rektorem był zacny ks. Władysław Węgiel. Jako rektor sercańskiego seminarium byłem odpowiedzialny za wychowanie przyszłych kapłanów w duchu powołania sercańskiego. Jak umiałem, starałem się przygotować ich duchowo, akcent kładąc na ich rozwój społeczny i ludzki. Zawsze za swoje podstawowe zadanie w wychowaniu uważałem troskę o to, żeby dokonywało się ono w duchu autentycznego życia zakonnego, zgodnego z duchowością i charyzmatem sercańskim. I w tym punkcie byłem bardzo wymagający" - powiedział po latach kard. Nagy w wywiadzie rzece „Na drogach życia”.
Poza pracą wychowawczą, ks. Nagy był znany z wielkiego zaangażowania w pracę kaznodziejską i rekolekcyjną na terenie Tarnowa i diecezji. - Wygłaszał kazania i rekolekcje w katedrze tarnowskiej, u księży misjonarzy, w parafii św. Józefa i innych parafiach. Wyjątkowym polem jego pracy była posługa rekolekcyjna u sióstr zakonnych, zwłaszcza tarnowskich urszulanek i sióstr Sacre Coeur w Zbylitowskiej Górze. Wspominał później, że stał się tam niejako dyżurnym rekolekcjonistą. Dobrze znał też tarnowskie konfesjonały. Chętnie oddawał się pracy duszpasterskiej - wspomina ks. Józef Gaweł SCJ.