Dzieje Apostolskie uzupełniają portret św. Jana. Pojawia się w towarzystwie Piotra jako jeden z ważniejszych Apostołów. Razem z Szymonem został aresztowany po uzdrowieniu paralityka przy Bramie Pięknej. Staje przed Sanhedrynem, a następnie uzyskuje wolność (Dz 3,1-11; 4,3.13.19). Razem z Piotrem wizytuje rodzący się Kościół Samarii i ewangelizuje ten region (Dz 8,14.25). Paweł nazwał go, podobnie jak Piotra i Jakuba, filarem Kościoła (Ga 2,9).

Wielu pisarzy chrześcijańskich II wieku twierdzi, że św. Jan osiadł w Efezie, skąd rządził Kościołami  rzymskiej prowincji Azji. Potwierdzają to w jakimś stopniu badania archeologiczne przeprowadzone w Ajasoluk (tureckie zniekształcenie słów: Agios theologos – święty teolog). Doprowadziły do odkrycia mauzoleum  z czasów Konstantyna Wielkiego. Na nim wzniesiono w IV w. pierwszą bazylikę przebudowaną w czasach Justyniana (VI w.). Znaleziono tam napis jakiegoś pobożnego pielgrzyma: „Panie, Boże, nasz Zbawco  i św. Janie, Jego Ewangelisto i teologu, zmiłujcie się nade mną, twoim grzesznym sługą”. Z dużym więc  prawdopodobieństwem można przyjąć, że Apostoł przybył tutaj między rokiem 67 a 70, a więc już po zakończeniu działalności św. Pawła i Tymoteusza w Efezie. Miało to miejsce, jeżeli zaufamy Euzebiuszowi,[5] przed wybuchem powstania żydowskiego. Z kolei św. Jan został skazany na zesłanie na wyspę Patmos. Wrócił  do Efezu po śmierci Domicjana (+ 96) i kierował Kościołami Azji aż do śmierci. Św. Hieronim[6] pisze, że pod koniec życia nie mógł już sam poruszać się i musiano go przynosić na zgromadzenia. Był zbyt słaby i nie mógł wygłaszać długich przemówień. I tylko powtarzał ciągle słowa: „Dzieci moje, miłujcie się wzajemnie”.  Ponieważ wierzący byli już niekiedy zmęczeni powtarzaniem tych samych słów, dlatego dodawał:  „Jest to przykazanie Pana i jeżeli będzie zachowywane, to wystarczy”.[7] Być może jest to szczegół legendarny, ale oddaje wiernie myśl Jana Apostoła.

Św. Jan umarł za Trajana (98-117) w Efezie, osiągnąwszy podeszły wiek. Natomiast męczeństwo w kotle wrzącej oliwy miało mieć miejsce w Rzymie przed wypędzeniem na Patmos. Ten szczegół opiera się na świadectwie Tertuliana,[8] powtórzonym dwukrotnie przez św. Hieronima.[9] Wielu (I. de la Potterie, D. Mollat) wysuwa jednak zastrzeżenia co do historyczności tego faktu.