Szkoła otrzymała imię Jana Pawła II 17 maja 2006 roku. W 2007 roku zrealizowała projekt pod patronatem Urzędu Miasta Tarnowa „Patron mojej szkoły patriotą – portret życiem pisany”. Odsłonięcie aranżacji miejsca upamiętniającego patrona szkoły bł. Jana Pawła II odbyło się w 5.  rocznicę nadania szkole imienia oraz z okazji beatyfikacji ojca świętego. Do tematyki godzin wychowawczych zostały włączone treści oparte na nauczaniu papieża pt. „Jan Paweł II – autorytet w wychowaniu do wartości”.

Szkoła organizowała wycieczki przedmiotowe i krajoznawczo-turystyczne oraz wycieczki przybliżające postać patrona szkoły „Śladami Jana Pawła II”. Brała udział w ogólnopolskich pielgrzymkach Rodziny Szkół  im. Jana Pawła II  na Jasną Górę. Młodzież poznawała biografię patrona szkoły przez organizację konkursów literackich, recytatorskich, wiedzy, plastycznych. Reprezentanci gimnazjum uczestniczyli w ogólnopolskich konkursach fotograficznych, plastycznych, literackich o Janie Pawle II. Realizowane były działania wynikające z przynależności do Rodziny Szkół Jana Pawła II, m.in.: udział w XV Forum Szkół im. Jana Pawła II w Wyższym Seminarium Duchownym w Tarnowie, udział w turnieju sportowym koszykówki chłopców o puchar przechodni Bpa Andrzeja Jeża, udział delegacji szkoły w spotkaniu Rodziny Szkół Jana Pawła II Diecezji Tarnowskiej zorganizowanym z okazji 14. rocznicy pobytu bł. Jana Pawła II w Starym Sączu oraz z okazji 25. rocznicy święceń kapłańskich ks. bpa Andrzeja Jeża. Szkoła włącza się w organizację uroczystości rocznicowych związanych z osobą patrona. Cyklicznie przygotowuje obchody Dnia Papieskiego. Troszczy się o pomnik i aktualizację gazetek w klasach i na korytarzu szkolnym. Postać patrona jest omawiana na lekcjach religii, wychowawczych, języka polskiego. Bardzo uroczyście obchodzony jest Dzień Patrona Szkoły. Młodzież i nauczyciele gromadzą się przy pomniku, uczestniczą w Mszy św. i akademii. Z okazji Dnia odbywają się katechezy i lekcje o Janie Pawle II, rozstrzygane są konkursy. Młodzież wyjeżdża na wycieczki śladami Jana Pawła II m.in. do Warszawy, Krakowa, Nowego i Starego Sącza, Łagiewnik, Zakopanego. W 2006 roku młodzież zdobyła Odznakę Turystyczną Jana Pawła II. W ostatnich latach zostały zrealizowane następujące projekty: „25. rocznica pobytu Jana Pawła II w Tarnowie – co z tego zostało?”, „Jak stworzyć ciekawy manuskrypt?”, strona www poświęcona osobie patrona. Systematycznie publikuje się prace gimnazjalistów o Janie Pawłe II. Młodzież bierze udział w zbiórkach i akcjach na rzecz potrzebujących.