Prawda o Duchu Świętym była nie tylko przedmiotem zwyczajnego nauczania, ale także oficjalnie precyzowana w Kościele.
Szczególnym wkładem św. Grzegorza z Nyssy w katolicką pneumatologię, jest pogłębienie nauki o pochodzeniu Ducha Świętego. Już u św. Atanazego pojawiła się formuła o pochodzeniu Ducha Świętego od Ojca, bo tak mówi jeden z tekstów ewangelicznych. Sobór w 381 roku tę formułę powtórzył. To miał być, jak się wydawało, sposób na wyjaśnienie różnicy między drugą a trzecią osobą Trójcy Świętej. Mimo początkowego optymizmu problem jednak nie został rozwiązany, bo gdy się lepiej zastanowić, to „zrodzenie” też jest rodzajem „pochodzenia”.
Kwestia znalezienia różnicy nadal pozostaje. Brakuje również określenia relacji Syna i Ducha Świętego. Grzegorz z Nyssy starał się ten problem wyjaśnić. Zwrócił uwagę na znajdujące się w Piśmie Świętym określenie „Duch Chrystusa” (Rz 8,9). Połączył tekst o „pochodzeniu” Ducha Świętego z tym określeniem i wyszło mu, że Duch Święty pochodzi od Ojca i jest Duchem Chrystusa. Takie połączenie ukazuje jedność wszystkich trzech osób Bożych. Jednocześnie jedność tak rozumiana zdaje się wskazywać na podwójne pochodzenie jakie można dostrzec w Trójcy Świętej. Syn pochodzi bezpośrednio od Ojca bo jest zrodzony, a Duch Święty „chociaż także pochodzi od Ojca, to jednak przez Pośrednika, którym jest właśnie Syn”[8]. W dalszym dowodzeniu prowadzi to do następującej konkluzji: Duch Święty pochodzi od Ojca przez Syna.
Grzegorz z Nyssy tłumaczył to na wiele sposobów, a w wersji bardziej przystępnej wyglądało to tak: „Należy zatem pojmować moc [Bożą], która bierze swój początek od Ojca, rozwija się przez Syna i znajduje swoje dopełnienie w Duchu Świętym”[9]. Dla wyjaśnienia tej formuły biskup Nyssy przywoływał przykład zapalania pochodni, albo świec. Płonąca pochodnia użycza swego światła drugiej, a tan następnej. W ten sposób światło z pierwszej dociera do trzeciej poprzez pośrednią, chociaż wciąż jest to to samo światło. Przykład ten był o tyle bardziej uzasadniony, że w Wyznaniu Wiary nicejsko-konstantynopolitańskim, w artykule dotyczącym Syna jest określenie „Światłość ze Światłości”.
Formułę używaną przez Grzegorza z Nyssy została przyjęta później w Kościele greckim i do dzisiaj jest stosowana w Kościele prawosławnym.