Musimy szczerze wyznać, że nigdy do końca nie potrafimy zrozumieć rzeczywistości Kościoła, ponieważ Kościół jest tajemnicą.
Określenie Kościoła Świątynią Ducha Świętego nawiązuje do roli jaką ma Trzecia Osoba Boża w budowaniu Kościoła jako Ludu Bożego i Ciała Chrystusa. Św. Paweł wyjaśnia: „Albowiem w jednym Duchu wszyscy jesteśmy ochrzczeni w jedno ciało” (1 Kor 12,13). To Duch Święty utrzymuje łączność wszystkich części Ciała między sobą i z jego Głową. To On „czyni Kościół «świątynią Boga żywego» (2 Kor 6,16)”[15].
Sobór określa Kościół jako sakrament (sacramentum: LG 1, 9, 59; SC 5, 26; GS 45; AG 5; universale sacramentum salutis: LG 48; GS 45; AG 1)[16]. Kontekst tego określenia jest chrystologiczny: Lumen gentium cum sit Christus („Światłością narodów jest Chrystus”). Dlatego „Kościół jest w Chrystusie niejako sakramentem, czyli znakiem i narzędziem wewnętrznego zjednoczenia z Bogiem i jedności całego rodzaju ludzkiego”[17]. Konstytucja Lumen gentium zaznacza, że Chrystus ustanowił Kościół jako „powszechny sakrament zbawienia”[18], co oznacza, że „ten pielgrzymujący Kościół jest konieczny do zbawienia”[19].
Ważnym – a odkrytym dopiero po Soborze – jest pojęcie Kościoła jako komunii (por. LG 4, 8, 13-15, 18, 21, 24n; DV 10; GS 32; UR 2-4, 14n, 17-19, 22). Komunia Kościoła zakorzenia się w komunii z Bogiem i komunii między ludźmi, a jej podstawą jest chrzest i Eucharystia. Kościół jest – jak to wyznajemy w Credo – prawdziwą communio sanctorum, czyli „świętych obcowaniem”, komunią świętych.