Eklezjologia, czyli systematyczna nauka o Kościele, istniała przynajmniej w śladowych formach od samego początku.
Witalnym źródłem działalności ciała Chrystusa jest Duch Święty. „Czym dusza w naszym ciele, tym Duch Święty w ciele Chrystusowym, to jest w Kościele”[16]. On kieruje całym organizmem i daje życie każdej jego komórce. Duch Święty to osobowa miłość, stąd też, jako źródło miłości, jednoczy cały organizm. Ta jednocząca, ożywcza miłość jest istotą Kościoła. Ona zespala wielość członków razem i jednoczy ciało z Głową, w rezultacie „jest tylko jeden Chrystus”. Ponieważ Duch Święty jest tylko w Kościele katolickim, tym samym tylko ten Kościół jest prawdziwy. „Poza tym ciałem nikt nie jest ożywiany przez Ducha Świętego”[17]. Również będąc w ciele Chrystusa można przez grzech utracić to życie. Grzesznicy nie uczestniczą „w niewidzialnej wspólnocie miłości”[18].
Zwracając uwagę tylko na Kościół widzialny można go traktować jako widzialną wspólnotę opartą na wierze, sakramentach i miłości. Wspólnota wiary oznacza posłuszeństwo prawdom wiary przyjętym na chrzcie świętym. W tym wypadku Kościół jest Matka i Nauczycielką, będąc gwarantem objawionej prawdy. Należy się mu posłuszeństwo wtedy, gdy uczy i wyjaśnia prawdy wiary. Jako matka cierpi z powodu tych, którzy odstąpili od sprawiedliwości, a zwłaszcza z powodu tych, którzy naruszają jego jedność. Odrzucenie jakiejkolwiek z podawanych przez niego prawd powoduje popadnięcie w herezję i tym samym znalezienie się poza wspólnotą Ciała Chrystusa. To akurat było widoczne, bo heretyków z Kościoła usuwano.
Tylko w Kościele, w tej wspólnocie sakramentów, sakramenty są skuteczne. Św. Augustyn rozróżnił w sakramentach ważność i owocność. Tylko w Kościele zapewniona jest owocność, bo tylko tu działa Duch Święty. W tym sensie poza Kościołem nie ma odpuszczenia grzechów, ani łaski. Z tej racji, że sakramenty rodzą do nowego życia we wspólnocie z Bogiem, Kościół jest prawdziwą matką.
To są tylko niektóre elementy eklezjologii patrystycznej. Dla uzupełnienia należy jeszcze wspomnieć przynajmniej o jednej kwestii, ważnej zwłaszcza dla widzialnego Kościoła, czyli o jego miejscu w społeczności.
Miejsce Kościoła w społeczeństwie
Kościół, tak w wymiarze lokalnym jak również powszechnym, powstawał i rozwijał się niezależnie od instytucji państwowych. Państwo rzymskie przez długi czas nawet nie zauważało struktur kościelnych. Wprawdzie władze cesarskie już od końca pierwszego wieku miały wiedzę o istnieniu chrześcijan, orientowały się w zasadach przez nich wyznawanych, ale jak długo nie było z nimi kłopotu, albo też dokąd władza nie miała jakiegoś własnego interesu, to ani w życie chrześcijan, ani w ich struktury nie ingerowały.
Jednak religię chrześcijańską do 313 roku traktowano inaczej niż kulty pogańskie. Te ostatnie były pod opieką państwa. Cesarz nosił tytuł pontifex maximus, czyli „najwyższy kapłan”. Był on urzędowo odpowiedzialny za każdy publiczny kult w Cesarstwie. Budował świątynie, przeznaczał środki na ich utrzymanie i na sprawowanie kultu, sam przewodniczył ważniejszym obrzędom. Religia chrześcijańska nie należała do kultów zatwierdzonych przez cesarza, więc nie cieszyła się ani żadnymi przywilejami, czy nawet prawami, ani też władza państwowa nie wtrącała się do chrześcijańskiego kultu. Przełożeni kościelni byli w oczach władz zwykłymi obywatelami, o których czasem lokalne władze wiedziały, jakkolwiek w żaden sposób ich nie honorowały. Brak uznania prawnego powodował liczne komplikacje. Jedną z takich była niemożność posiadania własności. Nawet jeśli chrześcijanie stworzyli sobie np. dom modlitw, to można go było im zarekwirować i tak wielokrotnie władze cywilne czyniły.
Sytuacja zmieniła się po roku 313. W tym właśnie roku wszedł w życie tzw. edykt mediolański. W dużym skrócie był to reskrypt cesarza Konstantyna Wielkiego, przyznający religii chrześcijańskiej prawa podobne do tych, jakie miały inne kulty w Cesarstwie. Cesarz nie tylko oddał chrześcijanom zarekwirowane wcześniej dobra, ale zezwolił, by Kościół posiadał osobowość prawną. Oznaczało to, że już nie biskup jako osoba prywatna mógł mieć budynek kościelny, ale ten budynek był własnością całej wspólnoty. Cesarz poczuwał się również do obowiązku budowania kościołów, biskupi stali się osobami urzędowymi, posiadającymi liczne uprawnienia. Cesarz pomagał biskupom wyegzekwować rozporządzenia wewnątrzkościelne, co w praktyce oznaczało, że jeżeli jakiś synod usunął duchownego z urzędu, dopuszczającego się konkretnego przestępstwa, to władza państwowa czuwała, by ten wyrok został wykonany. Gdy w Kościele zaistniała sytuacja konfliktowa do jej rozstrzygnięcia angażowano władzę cesarską. Niosło to za sobą liczne zagrożenia. Bo cesarz czując się odpowiedzialny za Kościół chętnie ingerował w jego życie wewnętrzne. Nawet w kwestiach wiary często uważał, że ma głos decydujący. Wystarczy wspomnieć, że pierwsze sobory powszechne zwoływali cesarze. Gdy jakiś pogląd uznano w Kościele za herezję, to cesarz wyciągał sankcje wobec zwolenników napiętnowanego poglądu. Często odwołując się do przemocy, np. skazując winnego na zsyłkę, albo nawet na cięższe kary.