Jego kult ma długą tradycję i jest nadal żywy, o czym świadczy wspólnotowa i indywidualna modlitwa przy jego ołtarzu.
Bazylika w Limanowej nie jest tylko miejscem kultu Matki Bożej Bolesnej czczonej w XIV-wiecznym wizerunku Piety, czy też Matki Bożej Różańcowej, której hołd oddaje się w limanowskiej parafii prawie 500 lat.
W ponad stuletniej świątyni szczególne miejsce zajmuje boczny ołtarz św. Józefa, znajdujący się w nawie północnej, po prawej stronie od wielkiego ołtarza. Monumentalna scena została wykonana przez artystę Wojciecha Durka.
Centralna część ołtarza mieści przedstawienie świętego Józefa w postawie siedzącej w otoczeniu aniołów, na tle tarczy słonecznej oraz kwiatów lilii, które są symbolami świętego. We wspomnianym przedstawieniu św. Józef otacza opieką małego Jezusa, którego przytula do siebie. Z boku widoczne są przedstawienia dwojga młodych ludzi - dziewczynki oraz chłopca.
Mensa ołtarzowa podtrzymywana jest niejako przez płaskorzeźbę orła, który ma rozpostarte skrzydła. Po lewej stronie ołtarza znajduje się miniaturowa płaskorzeźba sceny ucieczki Świętej Rodziny do Egiptu, a po prawej sen św. Józefa.
Od 2012 roku w bocznym ołtarzu św. Józefa umieszczony jest obraz św. Jana Pawła II, koronatora Piety limanowskiej oraz wielkiego czciciela św. Józefa. Pod obrazem, namalowanym przez artystkę Agnieszkę Drwal-Dziurawiec, znajduje się relikwiarz z kroplą krwi papieża. Relikwiarz wieńczy odlew Matki Boskiej Bolesnej, Pani Limanowskiej.
W poprzedniej limanowskiej świątyni, znajdował się boczny ołtarz, gdzie prawdopodobnie umieszczone było przedstawienie Jezusa, Matki Bożej i św. Józefa (XIX wiek). Ks. Kazimierz Łazarski budując obecny kościół był wielkim czcicielem świętego.
Warto zauważyć, że koniec XIX wieku to rozwój kultu św. Józefa, bowiem w 1870 roku papież Pius IX ogłosił go patronem i opiekunem Kościoła. Św. Józef jest również patronem rzemieślników, stad też limanowscy kupcy zrzeszeni w cechu od wielu lat modlą się przy ołtarzu tego świętego.
Od prawie stu lat nieprzerwanie trwa modlitwa przy bocznym ołtarzu. W archiwalnych ogłoszeniach parafialnych możemy znaleźć zapisek z 8 marca 1942 roku, który informował wiernych o zbliżającej się nowennie przed uroczystością św. Józefa. Każdego dnia nowenny o godz. 8 odprawiano śpiewaną Mszę św., a po niej nabożeństwo nowennowe przed Najświętszym Sakramentem.
Do szczególnego udziału w nowennie zaproszono rodziny, aby przez wstawiennictwo opiekuna rodzin wypraszały potrzebne łaski. Wzorem poprzednich pokoleń i dzisiaj parafianie gromadzą się w marcowe poranki przy ołtarzu św. Józefa. Codziennie można zauważyć, jak limanowianie i goście odwiedzający bazylikę chętnie modlą się przy ołtarzu tego wielkiego świętego.
Św. Józef wydaje się być najbliższy sercom mieszkańcom tych terenów, zwłaszcza tych przywykłych do ciężkiej pracy. Wyrazem czci oddawanej św. Józefowi na ziemi limanowskiej jest również erygowanie parafii w Starej Wsi w 1987 roku. Parafia - córka limanowskiej wspólnoty - jako patrona obrała sobie św. Józefa Rzemieślnika, bowiem chciano, aby obok Maryi - Matki Bolesnej - był Jej oblubieniec św. Józef. W starowiejskim kościele znajduje się również feretron z figurą świętego, który niegdyś znajdował się w bazylice w Limanowej. Został on przekazany miejscowej wspólnocie przez ówczesnego proboszcza ks. prał. Józefa Porębę.
Przy limanowskiej parafii działa również wspólnota Mężczyzn Świętego Józefa. Św. Józef patronuje także miejscowemu Cechowi Rzemiosł i Przedsiębiorczości oraz prowadzonej przez niego szkole branżowej.
Św. Józef jest doskonałym wzorem na dzisiejsze czasy, gdy wielu ludzi potrafi dużo mówić, a niewiele robić. W Biblii nie znajdziemy żadnych jego wypowiedzi, jednak możemy zauważyć, jak cichą obecnością i konkretnymi działaniami wykonywał zleconą mu przez Boga misję bycia opiekunem Jezusa.