Pierwsza, niepewna wzmianka o kościele parafialnym w Krzyżanowicach pochodzi z 1250 r. i wiąże się z relacją o cudach świętego Stanisława. Istnienie kościoła i parafii potwierdzają w XIV w. rachunki świętopietrza zachowane od 1325 r., kiedy to plebanem był niejaki Grzegorz. Obecny kościół został zbudowany w 1746 roku w Bochni jako kościół klasztorny tamtejszego zakonu bernardynów. Do Krzyżanowic został przeniesiony w 1794 roku po kasacie zakonu. Wtedy także trafiła tu dzwonnica pochodząca z 1601 roku.