Wielu pisarzy chrześcijańskich II wieku twierdzi, że Jan osiadł w Efezie, skąd rządził Kościołami rzymskiej prowincji Azji. Potwierdzają to w jakimś stopniu badania archeologiczne przeprowadzone w Ajasoluk (tureckie zniekształcenie słów: Agios theologos – święty teolog). Doprowadziły one do odkrycia mauzoleum z czasów Konstantyna Wielkiego. Na nim wzniesiono w IV w. pierwszą bazylikę przebudowaną w czasach Justyniana (VI w.). Znaleziono tam napis jakiegoś pobożnego pielgrzyma: „Panie, Boże, nasz Zbawco i św. Janie, Jego Ewangelisto i teologu, zmiłujcie się nade mną, twoim grzesznym sługą”. Z dużym więc prawdopodobieństwem można przyjąć, że Apostoł przybył tutaj między rokiem 67 a 70, a więc już po zakończeniu działalności Pawła i Tymoteusza w Efezie. Miało to miejsce, jeżeli zaufamy Euzebiuszowi, przed wybuchem powstania żydowskiego. Z kolei Jan został skazany na zesłanie na wyspę Patmos. Wrócił do Efezu po śmierci Domicjana (+ 96) i kierował Kościołami Azji aż do śmierci. Św. Hieronim pisze, że pod koniec życia nie mógł już sam poruszać się i musiano go przynosić na zgromadzenia. Był zbyt słaby i nie mógł wygłaszać długich przemówień. I tylko powtarzał ciągle słowa: „Dzieci moje, miłujcie się wzajemnie”. Ponieważ wierzący byli już niekiedy zmęczeni powtarzaniem tych samych słów, dlatego dodawał: „Jest to przykazanie Pana i jeżeli będzie zachowywane, to wystarczy”. Być może jest to szczegół legendarny, ale oddaje wiernie myśl Jana Apostoła.

Jan umarł za Trajana (98-117) w Efezie, osiągnąwszy podeszły wiek. Natomiast męczeństwo w kotle wrzącej oliwy miało mieć miejsce w Rzymie przed wypędzeniem na Patmos. Ten szczegół opiera się na świadectwie Tertuliana.