Krynicki zespół szkół należy do Diecezjalnej Rodziny Szkół Jana Pawła II. W ramach tej rodziny uczestniczy w spotkaniach w Gródku nad Dunajcem oraz Wyższym Seminarium Duchownym w Tarnowie. Uczniowie dwukrotnie wystąpili z programem okolicznościowym, a także prezentowali szkołę na forum innych Szkół Rodziny. Na bieżąco realizowany jest program działań Rodziny Szkół na każdy rok szkolny. Ponadto uczniowie ze sztandarem szkoły uczestniczą we Mszy św. na Jasnej Górze wraz ze szkołami Jana Pawła II z całej Polski, a także w Eucharystii przy ołtarzu papieskim w Starym Sączu oraz w jubileuszowym spotkaniu Rodziny Szkół Jana Pawła II w Lublinie na KUL-u.

Dwukrotnie z sukcesem szkoła uczestniczyła w projekcie „Mieć wyobraźnię miłosierdzia – Moje spotkania z Ojcem Świętym” i była laureatką w 2008 roku, a w 2009 roku otrzymała wyróżnienie. Współpracuje z Fundacją Szlaki Papieskie. Na zaproszenie tej fundacji uczestniczyła w spotkaniu opłatkowym z kard. Stanisławem Dziwiszem na Franciszkańskiej w Krakowie. Uczniowie poznają Jana Pawła podróżując jego śladami, m. in. w 2006 roku pracownicy szkoły byli uczestnikami rejsu po jeziorze Wigry. Płynęli statkiem „Tryton” (Jan Paweł II płynął tym statkiem w czerwcu 1999 r.). Społeczność szkolna współpracuje z parafiami na terenie Krynicy-Zdroju: przygotowała montaże słowno-muzyczne z okazji rocznicy śmierci Jana Pawła II – co roku, 30. rocznicy wyboru Jana Pawła II na stolicę Piotrową. W samej szkole w rocznicę śmierci Jana Pawła II odbywają się wystawy,       prezentacje multimedialne, a znicze i kwiaty są składane przez każdą klasę przed reprezentacyjną ścianą poświęconą Janowi Pawłowi II. Z okazji beatyfikacji został przygotowany i przedstawiony społeczności szkolnej oraz Krynicy montaż „Miłość mi wszystko wyjaśniła”. Uczniowie pomagają w zbiórce funduszy na rzecz Fundacji „Dzieło Nowego Tysiąclecia”.