Kościół pw. św. Zofii w Bobowej przed rozpoczęciem prac remontowych znajdował się w bardzo złym stanie technicznym. Ogromne zawilgocenia murów, zły stan techniczny elewacji i dachu, jak i wnętrza kościoła, nie pozwalały na prowadzenie w nim jakiejkolwiek działalności. Obiekt był użytkowany jedynie raz w roku, tj. na okoliczność odpustu ku czci św. Zofii w Bobowej – Patronki Miasta Bobowa. Mając na względzie ogromną wartość historyczną, artystyczną i naukową obiektu, zdecydowano się na podjęcie kroków celem odremontowania zabytkowej budowli.

Prace remontowo-konserwatorskie przy kościele św. Zofii w Bobowej rozpoczęły się w 2012 r. od wykonania izolacji przeciwwilgociowej fundamentów, kanalizacji deszczowej i uzupełnienia instalacji odgromowej. Zadanie było realizowane zgodnie z opracowaną dokumentacją projektową i obejmowało wykonanie izolacji pionowych ścian fundamentowych oraz zabezpieczenie dolnych części tych ścian. Fundamenty ze względu na bardzo zły stan techniczny zostały wzmocnione poprzez podbicie. Kolejnym etapem było wykonanie kanalizacji deszczowej wokół kościoła. W celu zabezpieczenia obiektu konieczne było także uzupełnienie odgromienia dachu krytego gontem. Pozwoliła na to dotacja z Ministerstwa Kultury i Dziedzictwa Narodowego. Także w roku 2012 dzięki dofinansowaniu uzyskanemu z budżetu Województwa Małopolskiego wykonano remont dachu zabytkowego kościoła, polegający na wymianie pokrycia dachowego, łacenia i obróbek blacharskich, elementów konstrukcyjnych dachu, wzmocnień, wymiany deskowania ściany szczytowej dachu, impregnacji ogniowej elementów drewnianych, usunięcia zmurszałego pułapu na belkach stropu oraz wykonania pomostów komunikacyjnych. Prace wykonano w oparciu o opracowaną dokumentację budowlano-konserwatorską i zatwierdzoną pozwoleniem konserwatorskim wydanym przez Wojewódzkiego Konserwatora Zabytków.  Ze względu na ograniczone środki finansowe w latach wcześniejszych wykonane prace miały charakter doraźny i ograniczały się do poszczególnych zagadnień w ograniczonym zakresie.