W XIX w. obok legendy św. Stanisława rozpoczął się spór między historykami o ocenę świętego i króla Bolesława. Część historyków (T. Czacki, F. Stefczyk, A. Skorski) przyjmowali hipotezę, opierając się na kronice Galla Anonima i jego określeniu biskupa jako „traditor” - „zdrajca”, iż biskup przeciw monarsze związał się z obcym władcą (księciem czeskim lub królem niemieckim). Inni, jak J. Lelewel, S. Smolka, przekonywali, iż termin „traditor” oznaczał nieposłuszeństwo w sprawach wewnętrznych. Wacław A. Maciejowski i Joachim Lelewel prezentowali króla jako obrońcę praw i wolności ludu, ograniczanych przez możnowładców, po stronie których stanął biskup i za to został skazany. Spór ten został wzmocniony opublikowaniem na początku XX w. przez prof. Tadeusza Wojciechowskiego Szkiców historycznym XI wieku. W pracy tej Wojciechowski opowiedział się po stronie króla, a biskupa oskarżył o związki z księciem czeskim Wratysławem. Szkic Wojciechowskiego wywołał powszechną dyskusję nie tylko w środowisku historyków, ale również w prasie. Przeciw tezom Wojciechowskiego wystąpił Kazimierz Krotoski jako redaktor ankiety historycznej „Przeglądu Powszechnego”. Krotoski polemizował z tezami o „zdradzie” św. Stanisława na łamach prac: "Gall scholastyk poznański" (Lwów 1899), "Św. Stanisław biskup w świetle źródeł" (Kraków 1902), "Św. Stanisław w świetle historiografii nowożytnej" (Toruń 1902). W 1909 r. „Przegląd Powszechny” wydał specjalny tom z polemikami  z pracą Wojciechowskiego.

Z okazji 800-lecia śmierci św. Stanisława Walerian Kalinka uwypuklił dwie cechy kultu św. Stanisława, z jednej strony kult „męczennika Kościoła”, z drugiej zaś „orędownika narodu”. Pisał dalej, że nie wszyscy słyszeli jeszcze o czynach takich królów jak Kazimierz Wielki czy Stefan Batory, nie do wszystkich uszu dotarła wiedza o bitwach pod Grunwaldem, Chocimiem i Wiedniem, ale „chłop każdy i dziecko kilkuletnie już coś zasłyszeli o św. Stanisławie, wiedzą że on poniósł śmierć za Kościół i naród zarazem”.

W XIX w. św. Stanisława czczony był  jako pasterz zatroskany o powierzonych sobie wiernych, męczennik oddający życie za wiarę i ład moralny oraz obrońca biednych i pokrzywdzonych. Łączono postawę św. Stanisława z represjami władz rosyjskich i pruskich przeciw biskupom polskim (Karolowi Skórkowskiemu, Zygmuntowi Szczęsnemu Felińskiemu, Mieczysławowi Ledóchowskiemu).