Chociaż w roku 1838 mogłoby się wydawać, że biskup ma wolną rękę w zarządzaniu seminarium i nakreślaniu głównej linii wychowywania młodych adeptów kapłaństwa, to jednak w praktyce było inaczej. Władzę państwowe zastrzegały sobie między innymi sprawy finansowe i gospodarcze. Również kwestia nominacji przełożonych była uzależniona od decyzji władz cywilnych. Kandydata na urząd rektora należało przedstawić samemu cesarzowi. Natomiast, jeżeli chodzi o decyzje personalne odnoszące się do kleryków, to biskup posiadał w tej materii pełną swobodę. To biskup ostatecznie decydował o dopuszczeniu danego kandydata do święceń.

Rektor, który bezpośrednio podlegał biskupowi, sprawował pieczę nad seminarium i nadawał właściwy ton formacji alumnów. Pomagali mu w tym przełożeni: wicerektor, ojciec duchowny i dwóch prefektów. Oczywiście uprawnienia przełożonych także nakreśliła administracja państwowa. Rektora należało wybrać spośród kanoników kapituły katedralnej. Kanonik, który otrzymywał nominację na rektora nie miał z tego tytułu prawa do dodatkowego wynagrodzenia. Rektor miał czuwać nad całością spraw wychowawczych i gospodarczych, mając na uwadze rozważne korzystanie z funduszu religijnego. Obok prowadzenia protokołu czynności rektora, należało także sporządzać uwagi na temat wychowanków. Przepisy przewidywały również obecność rektora na posiłkach w refektarzu i zwracanie uwagi, aby alumn, który jednego dnia pierwszy zabierał posiłek, w dniu następnym robił to jako ostatni.

W seminarium pastoralistów działającym w Bochni od 1822 roku, a następnie w Tarnowie od 1826 roku funkcję rektora pełnili: ksiądz Andrzej Rainer (1822-1834) i ksiądz Andrzej Ostrawski (1834-1837). W roku 1837 nominacje rektorską otrzymał ksiądz Michał Król. W latach 1826-1834, jako profesor Pisma Świętego i języków wschodnich prowadził wykłady we Lwowie. Był głównym organizatorem Seminarium Duchownego w Tarnowie i instytutu teologicznego. Był to człowiek o wielu zainteresowaniach i nastawieniu patriotycznym.

  Ksiądz Michał Król, wielce zasłużony rektor WSD w Tarnowie, autor pierwszego regulaminu. Grzegorz Brożek /Foto Gość

W prowadzeniu seminarium księdzu Królowi pomagali: wicerektor, którym od 1838 roku był ksiądz Józef Matuziński – odpowiadał przede wszystkim za sprawy bytowe seminarium; ojciec duchowny ksiądz Franciszek Karkoszka (pilnowano wówczas, aby ojciec duchowny nie miał żadnych innych obowiązków poza seminarium). Pierwszym prefektem został ksiądz Ignacy Antecki – odpowiadał za alumnów studiujących teologię, oraz opiekował się biblioteką, zaś drugim prefektem był ksiądz Klemens Popiel – powierzono mu studentów filozofii. Prefekci mieli bardzo niską pensję, która wynosiła 200 florenów, dlatego przysługiwał im również dodatek w postaci ubrania.