Wielkie dzieło miłosierdzia i działalność społeczna bł. Edmunda Bojanowskiego wyrosła z głębokiego życia duchowego, którego fundamentem była modlitwa, codzienna Msza św., adoracja Najświętszego Sakramentu oraz szczególne nabożeństwo do Matki Bożej. Jego wnętrze odsłania Dziennik pisany w latach 1853-1871. Ukazuje on niezwykłą postać autora, który po latach poszukiwań podczas studiów filozoficznych zdecydowanie wybrał Chrystusa i naśladował Go w swoim życiu. Zapiski w Dzienniku wskazują wyraźnie na umiejętność łączenia przez Bojanowskiego wartości naturalnych z nadprzyrodzonymi. Dojrzewanie chrześcijańskie prowadziło go od postawy patrioty, filantropa, działacza społecznego do szczytów zaparcia się siebie i coraz pełniejszej duchowej więzi z Bogiem.

W całej aktywności bł. Edmunda Bojanowskiego można dostrzec „rękę Boga”, który przygotowywał go przez uzdolnienia, wrażliwość i doświadczenia, by swoim życiem dawał świadectwo miłości Boga wobec każdego człowieka, szczególnie dzieci, chorych i ubogich. Ale można także dostrzec, że Bojanowski był podatnym materiałem w rękach Boga i pozwalał Mu „rzeźbić” w sobie obraz Jego świętości.

Bł. Edmund Bojanowski był człowiekiem modlitwy. Ustawicznie trwał w obecności Boga i modlił się całym swoim życiem, wszystko odnosił do Boga, żył w ścisłym zjednoczeniu z Nim. Modlił się nieustannie, zawsze i wszędzie, w kościele, w domu i w podróży, ponieważ prawdziwym miejscem modlitwy jest serce. Modlił się sam, z siostrami, z dziećmi i z chorymi. Modlił się dziękując, prosząc, przepraszając i uwielbiając. Całe jego życie było jedną wielką modlitwą, było hymnem wyśpiewanym na cześć Stwórcy.

Tak powiedział o nim ks. Antoni Brzeziński: Jaśniała przed oczami naszymi dusza jego promieniem gorącej modlitwy; mnie samego nią budował, gdym go widział na Świętej Górze modlącym się, albo na wspólnym noclegu, późno wieczór w niej zatopionego. Na podobieństwo Przemienienia Chrystusowego na górze Tabor, sprawia modlitwa, wedle nauki Ojców kościelnych, przemienienie duszy ludzkiej. I z niej też wziął [Edmund] to dziwne przemienienie ducha, które obyczajom jego, mowie i całej powierzchowności nadało charakter i powagę kapłańskiego żywota[3].

Bojanowski trafnie ujął cel modlitwy w jednym ze swoich zapisków: To, co przez modlitwę osiągnąć zamierzamy, jest żywym i gorącym ducha naszego natężeniem (…) Modląc się, już zaiste nie wątpimy, inaczej nie modlilibyśmy się, albo modlilibyśmy się tylko ustnie, nie zaś sercem, ani całym duchem (…) Modlitwa jest istnym nerwem chrześcijańskiego życia, „ścianą wiary” – jak powiada Tertulian – Człowiek modlący się, jest człowiekiem pragnienia - dążenia[4].