Wielkie dzieło miłosierdzia i działalność społeczna bł. Edmunda Bojanowskiego wyrosła z głębokiego życia duchowego, którego fundamentem była modlitwa.
W Dzienniku prowadzonym przez bł. Edmunda znajdujemy wiele zapisów świadczących o tym, że Bóg był dla niego stałym punktem odniesienia we wszystkich problemach egzystencjalnych. Kiedy borykał się z trudnościami materialnymi w utrzymaniu Instytutu Gostyńskiego i pewnego dnia otrzymał na ten cel ofiarę, natychmiast zanotował: O, jakże cudowne są sprawy Opatrzności! Wtenczas kiedyśmy nie wiedzieli, skąd dalej wydatki przedsięwziętej budowy opłacić, kiedyśmy tylko o tyle spokojnymi byli, o ile nasza ufność w Panu Bogu pokrzepiała nas we wytrwałości, zsyła nam Bóg najmiłosierniejszy pomoc wystarczającą do uskutecznienia tak trudnego w naszym niedostatku przedsięwzięcia. (…) prosiłem przede wszystkim, aby sieroty za świeżo otrzymane dobrodziejstwo odbyły modły dziękczynne, a sam pobiegłem do kaplicy i z cisnącymi się do oczu łzami złożyłem Bogu gorące dzięki. (…) Wieczorem do modlitw moich zwyczajnych dodałem serdeczne modły dziękczynne za dzień tak szczęśliwie spędzony, w którym mi Bóg tyle miłosierdzia i swej cudownej Opatrzności okazał. O Boże! Jakże serce moje przepełnione pociechą! Nie daj, abym się przeto czuł już bezpiecznym, bo właśnie mogłoby nas prędkie zasmucenie spotkać. Owszem, jak w każdym smutku pokrzepiasz mnie nadzieją bliskiej pociechy, tak w dniu pociechy uzbrój mnie gotowością na wszelkie przygody, abym zawsze z wolą Twoją świętą zgadzać się umiał[5].
Nie było dnia, w którym Bojanowski nie zanosiłby modlitw dziękczynnych. Potrafił być wdzięczny za wszystko: za uzdrowienie z choroby, za otrzymane wsparcie finansowe, za piękne chwile spędzone z dziećmi i z przyjaciółmi, za wszystkie wysłuchane prośby. W Dzienniku czytamy: (…) Tyle pociech zaprawdę niezasłużonych, tylko z dziwnej łaski Bożej pochodzących, nie umiałem sobie inaczej wytłumaczyć, tylko że je sprowadziły czyste i gorliwe modlitwy. W trzech tygodniach wszystkie najpożądańsze moje życzenia ziściły się, za co niech będą dzięki Najmiłosierniejszemu Bogu, a ku pomnożeniu Jego chwały świętej niech się to wszystko obróci[6].
Obok zapisów mówiących o modlitwie wdzięczności są także notatki świadczące o tym, że w trudnych sytuacjach codziennego życia szukał na modlitwie pociechy u Boga: …poszedłem zanieść Bogu w ofierze moje zbolałe serce. Modliłem się gorąco, ale nie słowami, nie myślą, tylko wyprężonym uczuciem całego serca i duszy. Prosiłem Boga najmiłosierniejszego, aby mi dał łaskę wytrwałości i zupełnego zgadzania się z Jego wolą świętą[7].
Chociaż najczęściej usuwa mi się to, w czym najpomyślniejsze zakładam sobie nadzieje, trzeba przecież ofiarować to Bogu. Racz tylko Panie wszystko to ku dobru i naszemu zbawiennemu pożytkowi obrócić[8].