Wielkie dzieło miłosierdzia i działalność społeczna bł. Edmunda Bojanowskiego wyrosła z głębokiego życia duchowego, którego fundamentem była modlitwa.
Bojanowski widział w Bogu kochającego Ojca, który daje dobre dary swoim dzieciom (por. Mt 7, 11), dlatego z ufnością kierował do Niego prośby. Na początku Nowego Roku zawierzał Bogu wszystkie nadchodzące dni prosząc o błogosławieństwo i wszelką pomyślność oraz o serce pełne wiary, aby potrafił z ufnością przyjąć to, co On mu przygotował. W ciągu dnia często jednoczył się z Bogiem, kierując do Niego akty strzeliste, ale także modlił się czynem, starając się postępować zgodnie z Bożym upodobaniem. We wszystkich sytuacjach potrafił dostrzec Boże działanie.
Uprzywilejowanym miejscem spotkania z Bogiem na modlitwie była dla Edmunda Bojanowskiego świątynia. Jeden zapis w Dzienniku powtarza się niemal jak codzienny refren: poszedłem do kościoła… lub byłem w kościele… W niektóre dni z ubolewaniem odnotowywał swoją nieobecność w kościele: Rano dla ciągłego deszczu i ogromnego błota nie mogłem pójść do kościoła. Było mi bardzo przykro, gdy od 1 maja dzisiejszy dzień jest pierwszy, co do kościoła nie idę. Do pracy nie miałem miru, więcej do dumania czułem się skłonnym, ale i myśli w jakimś dziwnym nieładzie się snuły, jak te ciemne na niebie chmury gwałtownym wiatrem pędzone[9].
Słota, pomglisto, błoto niezmierne. Ani podobno było przebrnąć pieszo do kościoła. Z całego domu nikt też nie pojechał i wszyscy Popielec zaspali. Ja sam tylko wstałem przed 6-tą i na próżno. Było mi tak przykre to opuszczenie kościoła, że byłem niezdolny do żadnego zatrudnienia[10].
Bojanowski modlił się wraz z innymi, ale także w samotności: Po południu czując się nieco słabym i z powodu wzmagającego się wichru, nie poszedłem na nieszpory. Obróciłem ten czas na domową modlitwę i przepisanie Litanii Męki Pańskiej, której w moim Ołtarzyku polskim nie ma[11].
Szczęściem przecież, że sam jeden w pojeździe pocztowym jechałem. Zamknąwszy więc okna dla rannego chłodu i wyjąwszy książkę do nabożeństwa, cały czas drogi poświęciłem modlitwom[12].
Dzięki coraz bardziej dojrzałej modlitwie, Bóg swobodnie działał w jego wnętrzu i przemieniał je. Pod koniec życia, kiedy ciężka choroba nie pozwalała Bojanowskiemu na wykonywanie jakichkolwiek czynności, leżąc przykuty do łóżka, modlił się nieustannie. Kiedy ks. Gieburowski, u którego mieszkał, zauważył ciągłe poruszanie się jego warg, nawet podczas snu i zdziwiony zapytał o przyczynę, Edmund ze zwykłą sobie prostotą odpowiedział: Ja modlitwę kończę, którą nie wiem, kiedy zacząłem[13].