Wielkie dzieło miłosierdzia i działalność społeczna bł. Edmunda Bojanowskiego wyrosła z głębokiego życia duchowego, którego fundamentem była modlitwa.
Duch modlitwy przejawiał się u Bojanowskiego w praktykach religijnych. Był głęboko przekonany, że religia będąc czystą prawdą, musi objawiać się otwarcie na zewnątrz w życiu, w uczynkach, w prostocie, w równości[14], a także, że umysł czysty, prosty i stały nie rozprasza się na wiele przedmiotów, bo wszystko czyni dla czci Boskiej, a w sobie swobodny, stara się wznieść ponad wszelką osobistą troskę[15].
Bł. Edmund Bojanowski szczególnie umiłował Eucharystię, która stanowiła centrum jego życia. Z niej czerpał siły do pokonywania codziennych trudności. Udział w codziennej Mszy świętej był dla niego bardzo ważny, dlatego bez wahania wstawał wcześnie rano i udawał się do oddalonego o 3 kilometry kościoła w Gostyniu. Widzieliśmy go jak przez wszystkie lata żywota, w słotach zimowych i w skwarach letnich, co dzień z Grabonoga zdążał, nieraz bez sił prawie, na Górę Świętą, by Mszy św. wysłuchać, i godzinami korzyć się przed Obrazem Cudownym. O Edmundzie kochany, ileś nam, patrzącym na cię w kościele, dał przykładów dobrych i pobudek do modlitwy![16]
Kiedy nie mógł uczestniczyć we Mszy świętej, czuł się bardzo źle, nie miał chęci do jakiejkolwiek pracy i nic mu nie sprawiało radości. Odczuwał dziwny brak w sercu, którego w żaden sposób nie potrafił zaspokoić. Eucharystia stanowiła dla niego najwyższą wartość. Świadczą o tym zapisy w Dzienniku: Pochmurno, wiatr od wschodu zamiata śnieg i zarzuca tory. Pomimo tego wybrałem się pieszo do kościoła, bo mi było przykro, żem wczoraj i zawczoraj nie był (…) Przeprawa była trudna, gdzieniegdzie trzeba było głęboko brnąć w śniegu bez najmniejszego toru, do tego wicher i zamieć utrudniały przejście. Zadyszany i spocony przebrnąłem wreszcie do kościoła. Byłem na Mszy św. i u spowiedzi[17].
Pomimo zwiększającego się bólu piersi, który mi nawet leżeć spokojnie nie dozwalał, - wstałem i przed siódmą pojechałem do Instytutu na Mszę św., przy której przyjąłem Komunię św.[18].
Chociaż to nie było zgodne z ówczesnym zwyczajem, Bojanowski starał się jak najczęściej przystępować do Stołu Pańskiego. Jansenizm, a także specyficznie – i nie ma co ukrywać błędnie – rozumiane zapisy Soboru Trydenckiego, a także tradycja sięgająca jeszcze czasów średniowiecza sprawiały, że katolicy w Polsce przystępowali do Komunii Świętej w okresie Wielkanocnym, a także podczas misji ludowych, rekolekcji parafialnych, pielgrzymek do świętych miejsc, odpustów i roku jubileuszowego[19]. Częstsza komunia święta, choć wzywał do niej Sobór Trydencki, nie była traktowana jako coś dopuszczalnego. Szacunek dla świętej tajemnicy, a także – motywowany często jansenizmem ogromny lęk przed Sacrum – sprawiał, że wierni obawiali się częstszego przyjmowania Komunii Świętej. Bojanowski nie potrafił zrozumieć, dlaczego ludzie tak łatwo odmawiają sobie tego Niebiańskiego Pokarmu. Edmund był głęboko zjednoczony z Chrystusem i z tej relacji czerpał siły do każdej działalności. Pragnął, aby wszyscy mieli możliwość poznania Jezusa i przyjmowania Go do serca w Komunii świętej. Dlatego organizował Msze święte dla chorych, którzy nie mogli o własnych siłach pójść do kościoła. Gdzie nie zdołał wydrzeć śmierci ciała, wyrywa przynajmniej duszę z piekła. A gdzie nie pomogło choremu lekarstwo, dopomaga nowenna do Matki Boskiej lub koronka, wysłuchana Msza św. lub też Komunia św. na intencję chorego, którą po kilka razy w tygodniu zwykł był przyjmować[20].