Kiedy nie mógł być na Mszy św. to poprzestawał na pomodleniu się i na duchowej Komunii św. Tej praktyki uczył także siostry z założonego przez siebie Zgromadzenia.

Podczas pogrzebu Bojanowskiego ks. Antoni Brzeziński tak o nim powiedział: Miał Edmund Bojanowski zawsze wielką miłość do Najświętszego Sakramentu, wiele często godzin trawił przed nim na modlitwie w kościele święto-górskim XX. Filipinów, a kilka razy na tydzień przystępował do Komunii świętej. Osobliwsze także miał nabożeństwo do Męki Pańskiej, której Szkaplerz na ciele nosił, a dla dostąpienia zupełnego odpustu z noszeniem jego połączonego, przystępował co Piątek do Spowiedzi i Komunii świętej[21].

Bł. Edmund Bojanowski wiedział, że aby dawać siebie innym, musi czerpać z prawdziwego źródła miłości, a tym źródłem było dla niego spotkanie z Jezusem Eucharystycznym.

Zapisy w Dzienniku świadczą o tym, że Bojanowski w szczególny sposób przeżywał niedziele i święta. Z radością udawał się do kościoła, gdzie spotykał się z umiłowanym nade wszystko Bogiem. Po Mszy św. zostawał w kościele, trwając długo na modlitwie dziękczynnej. Wracał do domu na obiad, aby w chwilę potem ponownie udać się do kościoła na uroczyste nieszpory. Pragnął cały dzień świąteczny spędzić z Jezusem. Niejednokrotnie musiał z tego zrezygnować uczestnicząc w różnego rodzaju spotkaniach rodzinnych i towarzyskich. Wówczas rozgoryczony pisał: Cały dzień zeszedł mi nudno na próżnych rozmowach, jedzeniu i piciu. Nie znam dla siebie nic przykrzejszego, jak takie jałowe i bezowocne zabijanie czasu[22]. Natomiast kiedy udało mu się dobrze przeżyć Dzień Pański, przy wieczornym rachunku sumienia czynił takie spostrzeżenia: Dzisiejszy dzień cały do najmilszych w moim całym teraźniejszym życiu zapisać winienem, bo przepędziłem go w nabożeństwie z Bogiem i w towarzystwie z ludźmi wedle Boga[23].

Edmund Bojanowski dostrzegał wielką wartość sakramentu pojednania, dlatego regularnie raz w tygodniu, zazwyczaj w piątki, spowiadał się, chociaż ówcześnie praktykowano rzadkie korzystanie z tego sakramentu. Dla Edmunda spowiedź była bardzo ważna. Miał świadomość własnej słabości i grzeszności, dlatego z pokorą stawał przed Miłosiernym Ojcem i prosił o przebaczenie za popełnione grzechy i zaniedbania. Dbał o czystość serca, aby móc bez przeszkód przyjmować Chrystusa w Komunii świętej.

Przygotowaniem dalszym do cotygodniowej spowiedzi był codzienny rachunek sumienia. O subtelności jego sumienia świadczy m.in. takie wyznanie: Spotkaliśmy babkę starą idącą po jałmużnę. Prosząc o wspomożenie narzekała coś o zagubionym chlebie, ale tego nie zrozumiałem i zajęty rozmową z księżmi nie dałem jej jałmużny, bo miałem tylko kilka srebrników przy sobie. Srebrnik zdawał mi się datkiem za dużym, więc opuściłem sposobność wsparcia staruszki. Bóg przecież pozwolił mi powetować w czym innym. O kilkaset kroków odszedłszy postrzegłem na drodze kawałek chleba leżący. Podniosłem, pobiegłem za babką i oprócz chleba znalezionego dałem jej srebrnika, któregom przed chwilą dać żałował. Radość babki i jej głośne błogosławieństwo ileż były więcej warte, niźli ten srebrnik i posługa. Jest to okoliczność drobna, ale w rachunku sumienia ważna…[24].