Wielkie dzieło miłosierdzia i działalność społeczna bł. Edmunda Bojanowskiego wyrosła z głębokiego życia duchowego, którego fundamentem była modlitwa.
Dowodem szczerości Bojanowskiego w samooskarżaniu jest kolejny zapis w Dzienniku: Po niewczasie przypomniałem sobie dopiero, że dziś przy piątku opuściłem bytność w kościele na pasji. Zajęcie się po południu odebranymi listami było pewnie tego przyczyną, a może i to, żem w przeszły tydzień opuścił to nabożeństwo. Najgorsze raz coś opuścić, to już potem człowiek mniej i coraz mniej bacznym się staje![25].
Wiedząc, jak bardzo, do rozwoju życia duchowego, potrzebna jest refleksja nad własnym życiem i postępowaniem, Bojanowski co roku zwracał się z prośbą do ojców jezuitów w Śremie, aby mógł odprawić pod ich kierownictwem prywatne rekolekcje. Podczas rekolekcji przestrzegał ścisłego milczenia, wierząc, że aby usłyszeć Boga, trzeba odnaleźć ciszę. Podczas rekolekcji oddawał się wielogodzinnej lekturze Pisma Świętego i rozmyślaniu.
Warto zwrócić uwagę, że duchowość bł. Edmunda była chrystocentryczna, znajdująca swój szczególny wyraz w nabożeństwie do Chrystusa Eucharystycznego i w kulcie Chrystusa Ukrzyżowanego. Z notatek w Dzienniku wynika, że jego pobożność była mądra, ugruntowana na głębokiej wierze, niezłomnej nadziei i gorącej miłości. Miłość wobec Chrystusa obecnego w Najświętszym Sakramencie ujawniła się w adoracjach eucharystycznych (o których już wyżej wspomniano). Przez całą oktawę Bożego Ciała chodził do kościoła dwa razy dziennie, uczestniczył z głęboką wiarą i radością w procesjach. Był wielkim czcicielem Serca Pana Jezusa. Od 26 stycznia 1956 r. należał do Bractwa Serca Jezusowego.
Będąc żarliwym czcicielem Jezusa cierpiącego nosił szkaplerz Męki naszego Pana. W każdy piątek przystępował do Komunii św. oraz nawiedzał chorych, w których widział cierpiącego i osamotnionego Zbawiciela. Podczas Wielkiego Postu uczestniczył w nabożeństwach Drogi Krzyżowej. Z autentycznym wzruszeniem przeżywał liturgię Wielkiego Tygodnia. Często, także poza okresem Wielkiego Postu, odmawiał Litanię o Męce Pańskiej i uczył jej odmawiania także Siostry Służebniczki.