W roku 2013 r. parafia w Bobowej przystąpiła do opracowania kompleksowej dokumentacji budowlano-konserwatorskiej dla kościoła pw. św. Zofii w Bobowej.

Dokumentacja została opracowana w oparciu o wizję w terenie, badania stratygraficzne, fizykochemiczne i architektoniczne, dokumentację fotograficzną oraz wiedzę i doświadczenie wynikające z wieloletniej pracy na podobnych obiektach. W skład zespołu opracowującego dokumentację wchodzili doświadczeni konserwatorzy dzieł sztuki, historycy, sztuki, badacze architektury oraz architekci.

W roku 2015 przystąpiono do konserwacji drewnianego stropu w kościele, natomiast w roku 2016 przeprowadzono konserwację i wzmocnienie stropu nad prezbiterium, przeprowadzono zabezpieczenie| i dezynsekcję ołtarza głównego.  Realizacja prac nie byłaby możliwa bez wsparcia finansowego Małopolskiego Wojewódzkiego Konserwatora Zabytków w Krakowie. W roku 2016 także przystąpiono do I etapu remontu wnętrza kościoła. Zakres prac obejmował wykonanie: konserwacji tynków i polichromii, w tym usunięcie wtórnych pobiał i monochromii oraz nieprawidłowych uzupełnień tynkiem, odsłonięcie, utrwalenie i zabezpieczenie pozostałości polichromii. Ponadto w partiach przyposadzkowych konieczne było zastosowanie specjalistycznych tynków szerokoporowatych magazynujących sole. Zakres prac obejmował również konserwację kamiennych portali, obramień okiennych, w tym odczyszczenie, uzupełnienie ubytków, impregnacje, modernizacje instalacji elektrycznej. W latach 2017-2018 prowadzono prace polegające na remoncie konserwatorskim ścian zewnętrznych kościoła w tym wykonaniu konserwacji elewacji, portali drzwiowych i okiennych, metaloplastyki oraz drzwi.

Ponadto w roku 2017 parafia w Bobowej podjęła się kompleksowej renowacji pozostałych elementów kościoła, tj. wykonania konserwacji posadzki oraz wyposażenia ruchomego, tj.: ołtarza głównego, dwóch ołtarzy bocznych z obrazami i złoceniami, kropielnicy, ambony, chóru, balasek, stelli w prezbiterium, obrazów (Ukrzyżowanie, Matka Boża Bolesna, św. Idzi, św. Antonii, Veraicon), krucyfiksa, epitafium marmurowego, mosiężnego prospektu organowego, lampki wiecznej, żyrandola, ławek (w tym rekonstrukcja 12 brakujących ławek). Zakres prac przewidywał także wykonanie alejek z płyt kamiennych wokół kościoła oraz wykonanie instalacji fotowoltaicznej na potrzeby działalności prowadzonej w kościele. Prace były realizowane w ramach projektu pn. Wyeksponowanie dziedzictwa i rozszerzenie funkcji zabytkowych obiektów sakralnych w Bobowej, poprzez wykonanie prac remontowych, budowlanych i konserwatorskich. Dzięki realizacji wszystkich wyżej wymienionych prac możliwe było całościowe odremontowanie gotyckiego kościoła pw. św. Zofii, który został poświęcony i oddany do użytku 15 maja 2018 roku podczas uroczystości z udziałem księdza biskupa ordynariusza Andrzeja Jeża.