Modlitwa była niezmiernie ważną praktyką w życiu Jezusa. Stąd też gdy Jezus wychodzi na górę osobną wysoką wraz ze swoimi uczniami, św. Łukasz dwukrotnie podkreśli, że Jezus udaje się tam, aby się modlić. I właśnie na modlitwie dokonuje się przemienienie. Można powiedzieć, iż modlitwa sprawia przemienienie (Łk 9,28-29). Widząc modlącego się Mistrza uczniowie proszą Go: „Panie naucz nas modlić się” (Łk 11,1). Ucząc zaś modlitwy Ojcze nasz (Łk 11,2-4) Jezus podkreśla konieczność wytrwałej modlitwy (Łk 11,5-13). Prawdziwy bowiem uczeń Chrystusa winien zawsze się modlić i nie ustawać (Łk 18,1). Modlitwa powinna także być pełna pokory, pełna świadomości grzeszności i małości wobec Boga, który jest wielki i pełen miłości, który ma moc usprawiedliwić człowieka (Łk 18,9-14). Szczególnym miejscem modlitwy Jezusa jest świątynia jerozolimska, która zostaje przez niego nazwana domem ojca (Łk 2,49), domem modlitwy (Łk 19,46).

Opisując wyjście Jezusa na Górę Oliwną, aby tam się modlić, św. Łukasz zapisze, iż Jezus udał się tam, „według zwyczaju” (Łk 22,39). A zatem modlitwa była zwyczajem Jezusa. Stąd też czas poprzedzający pojmanie, mękę i śmierć, Jezus spędza na usilnej modlitwie. Również swoich uczniów zachęca, by trwali na modlitwie, by nie ulegli pokusie (Łk 22,40). Wreszcie także śmierć Jezusa ukazana jest w przekazie Trzeciej Ewangelii, jako modlitwa Jezusa. Ostatnie bowiem słowa Jezus kieruje do swojego Ojca: „Ojcze , w Twoje ręce powierzam ducha mojego” (Łk 23,46).

Wydarzenie przemienienia dokonuje się na modlitwie. Modlitwa bowiem zawsze poprzedza ważne decyzje lub wydarzenia z życia Jezusa. Kreśląc w ten sposób osobę Jezusa, św. Łukasz nawiązuje do tradycji biblijnej zgodnie z którą modlitwa przygotowuje wybrańca Bożego do otrzymania nadprzyrodzonych wizji (por. Dn 2,18-19; 9,1-21; 10,2-3). Jan Paweł II stwierdza, iż „wejście uczniów na górę Tabor skłania do refleksji, zachęca, by odkryć kojącą i odradzającą ciszę medytacji”.