Więcej uwagi, jak zresztą większość Ojców Kościoła tego okresu, poświęcał działaniom Ducha Świętego. Tak zresztą ukazują Go teksty biblijne. Kiedy jest mowa o Duchu Świętym to jest on porównywany do wiatru, jest tchnieniem, ożywia, naucza, uświęca, itd. Wszystkie te określenia związane są z ruchem, działaniem. Te określenia bardziej interesowały Orygenesa i w oparciu o nie starał się odgadnąć co Duch Święty sprawia i gdzie można się zetknąć z Jego działaniem.

Według Orygenesa najbardziej charakterystycznym działaniem Ducha Świętego jest uświęcanie. Doświadczenie mówiło Orygenesowi o istnieniu ludzi świętych. Świętość zaś jest udziałem w naturze Bożej i tym samym nie może być dziełem człowieka. Jest ona świadectwem łaski udzielanej przez Ducha Świętego. Bo człowiek tylko: „przez udział w Duchu Świętym staje się świętym i duchowym. Jedna bowiem jest łaska uczestnictwa w Duchu Świętym, jak i uczestnictwa w Ojcu i Synu, bo jedna jest bezcielesna natura Trójcy Świętej”[9]. Oczywiście, ta łaska może być dana w określonych warunkach, z których najważniejszym jest dobra wola człowieka. On musi przemieniać swoje serce i chcieć wypełniać wolę Bożą. Wtedy może na niego zstąpić Duch Święty, bo On „spoczywa nie na wszystkich ludziach, tylko na świętych i błogosławionych”[10], przynosząc im ze sobą także inne dary. Tradycyjnie mówimy o siedmiu, ale w rzeczywistości można ich doszukać się więcej. W niektórych ludziach Duch Święty działa w sposób wyjątkowy. Tak było na przykład w prorokach, przez których mówił.